Најстарите остатоци од човекова активност на Скопското Кале се дирекно врзани за археолошката здравица на просторот, која била формирана  низ долги геолошки процеси, врз основата од седиментен песочник. Најпрво бил формиран дебел слој од речен нанос, поточно била создадена еден вид речна тераса од чакал. Со плавење, врз неа бил наталожен нанос од песочна глина од седиментната основа. Овој глинест слој, некаде црвен, некаде жолт, се јавува со дебелина  на места повеке од еден метар.  Токму во таа песоклива глина се откриваат вкопани различни објекти  како остатоците од иницијалната - најстара населба од Бакарното Доба - Енеолитот или  од 4 милениум пред Христа.
Се работи за земјенки или полуземјенки со функција на живеалишта, култни објекти или отпадни и складишни јами. Инвентарот во нив е вообичаен за таквите објекти и го сочинуваат бројни форми керамични садови за различна намена, култни предмети, глинени скулптурки, но и алатки и сечила од коска, камен и кремен. Нивниот интензитет, диспозиција и организација зборуваат за голема и економски јака населба, која го зафакала целиот простор на Калето и првите источни тераси.
На сите истражувани позиции каде беше стигнато до глинестата здравица, без исклучок се откриваа енеолитски наоди, секогаш во непосредна релација со здравицата. Најповеке и најцелосно сочувани вакви остатоци се откриени во Секторите 3А и 7 , или таму каде што имало помал интензитетот на користењето на просторот во помладите времиња.
Во слојот од жолта песочна глина во Секторот 7 беа откриени делови од 4 куки-полуземјенки. Слична е ситуацијата и во Секторот 3А-единствениот поширок и посоодветен простор за праисториски истражувања, кој не беше битно зафатен со подоцнежни градби. Таму беа откриени 2 последователни енеолитски фази.  Во постарата фаза тој простор бил  користен како култен дел од населбата или простор на кој биле задоволувани религиозните потреби на населението раното бакарно доба. Во кружно оградувани површини биле обавувани различни ритуано-религиозни активности со принесување жртвени дарови и нивно оставање, поточно  собирање на остатоците од нив во еден вид култни јами, вертикално вкопани во глинестата здравица. Таквите објекти  имале надземен дел од дрвена скелетна конструкција со набиени колци и долен, вертикално вкопан дел, во форма и со содржина на култни јами. Во следната фаза на истиот простор биле подигани куки со правоаголна до елипсовидна основа, поточни со под вкопан за 20-тина см во глинестата здравица. Надземениот дел со шаторска форма  и  кров на две води.
Низ следниот период на Бронзеното доба или во текот на ИИИ и ИИ милениум пред Христа, праисторискот живење  продолжило, но на  помал простор, ограничен главно во североисточните делови на Калето. Така,  повеке бронзенодопски слоеви се откриени само во Секторот 7. Во нив се документирани, покрај бројните движни наоди и остатоци од печки за керамика од раното бронзено доба,  делови од стамбени објекти од средното бронзено доба и една кука од доцното бронзено доба. Сите тие зборуваат за континуиран развиток на една локална култура во која се негувале општобалканските вредностите од т.н. подунавско-бакански културен комплекс. Сепак, кон крајот на бронзеното време евидентно е присуството на  елементи од југ, (најповеке во керамиката) со што, како и целото  Повардарјето, овој простор  културно се свртува кон егејскиот југ.